Le déroulement classique d'une thèse peut être considéré comme comportant trois étapes :

• une phase d'appropriation du sujet par le doctorant.
• une phase de mise au point des protocoles de recherches (conditions expérimentales, développements méthodologiques, etc.).
• une phase de production des résultats, qui comprend l'accumulation de données, leur mise en forme et leur valorisation.

Ainsi, le déroulement du travail de recherche n'est pas linéaire, et nécessite l'utilisation de compétences variées en fonction de son avancement. C'est pourquoi son suivi est l'affaire de tous les acteurs du doctorat et doit être réalisé avec soin. Il comprend :

• la rédaction, l'utilisation et la mise à jour régulière d'un calendrier du projet de recherche, comme indiqué dans le cadre de la mise en place de la convention de formation. 
• le suivi du projet de recherche doctoral réalisé sous la responsabilité du  directeur de thèse, selon les termes de l'article 10 de l'arrêté du 25 mai 2016,et en accord avec les modalités d'encadrement prévues dans la convention de formation;   
• une procédure de suivi par un comité de suivi qui "évalue, dans un entretien avec le doctorant, les conditions de sa formation et les avancées de sa recherche" (article 13)
• une évaluation (voire auto-évaluation) des besoins du doctorant en formations scientifiques et transversales.